Tuy đàn lợn ở khu vực trang trại tăng cao nhưng chiếm tỷ trọng nhỏ nên không bù đắp được số lợn giảm ở khu vực chăn nuôi nông hộ chiếm tỷ trọng lớn. 

Sản lượng thức ăn chăn nuôi công nghiệp phục vụ nhu cầu phát triển của ngành trên địa bàn tỉnh hàng năm là rất lớn. Thức ăn chăn nuôi chiếm phần lớn chi phí trong chăn nuôi (khoảng 65-75% giá trị sản xuất) và là yếu tố quan trọng quyết định đến năng suất, chất lượng sản phẩm và hiệu quả kinh tế của người chăn nuôi. Tuy nhiên, đến nay trên địa bàn tỉnh mới có 6 cơ sở sản xuất thức ăn chăn nuôi với tổng sản lượng khoảng trên 200.000 tấn/năm, chiếm khoảng 20% thị phần tiêu thụ trong tỉnh, còn lại là của tỉnh ngoài gây không ít khó khăn trong công tác quản lý Nhà nước đối với chất lượng thức ăn chăn nuôi, đặc biệt là tình trạng sử dụng chất kích thích tăng trưởng, kháng sinh cấm trong sản xuất thức ăn chăn nuôi. 

Được sự tài trợ của Ngân hàng Thế giới (WB), Dự án Cạnh tranh ngành chăn nuôi và an toàn thực phẩm (ATTP) tỉnh Thanh Hóa từ năm 2012 đến năm 2015 đã phối hợp với Trung tâm Kiểm nghiệm và Chứng nhận chất lượng nông, lâm, thủy sản Thanh Hóa và các phòng phân tích thức ăn do Cục Chăn nuôi chỉ định tiến hành giám sát 5 đợt và lấy 120 mẫu thức ăn tại các cửa hàng đại lý và hộ chăn nuôi áp dụng quy trình thực hành chăn nuôi tốt (GAHP) của 5 vùng chăn nuôi ưu tiên thuộc các huyện Hoằng Hóa, Quảng Xương, Triệu Sơn, Thọ Xuân và Yên Định để phân tích các chỉ tiêu về chất lượng, độ ẩm, độc tố nấm mốc, tồn dư  kháng sinh, vi sinh vật và kim loại nặng đặc biệt là các chất cấm như: Salbutamol, Clenbuterol, Ractopamine. Kết quả phân tích cho thấy: Nhóm các chỉ tiêu dinh dưỡng: Tổng số mẫu có chất lượng phù hợp so với công bố và quy chuẩn kỹ thuật: 114/125 mẫu, chiếm 91,2%. Như vậy, qua 5 đợt lấy mẫu giám sát chất lượng thức ăn chăn nuôi thuộc vùng GAHP (từ năm 2012 đến nay) đối với nhóm chỉ tiêu dinh dưỡng hầu hết có kết quả đúng so với công bố chất lượng. Chỉ tiêu protein thô là chỉ tiêu dinh dưỡng đặc biệt quan trọng đến kết quả chăn nuôi, qua 5 đợt giám sát có 121/125 số mẫu thử nghiệm đạt và vượt so với công bố. 

Nhóm các chỉ tiêu ATTP: đều đáp ứng đúng quy định của Nhà nước. Trong đó, nhóm kháng sinh có phát hiện 13/125 mẫu kiểm tra có Tetracyline và đều dưới ngưỡng tối đa cho phép. Các chỉ tiêu kháng sinh khác không phát hiện có trong mẫu kiểm tra. Các chỉ tiêu nhóm vi sinh vật gây hại trong mẫu thức ăn chăn nuôi (gồm: E.coli, Salmonella, colifom tổng số: Kết quả thu được không phát hiện thấy các nhóm vi sinh vật Salmonella, colifom tổng số trong mẫu thử nghiệm; 01/125 mẫu phát hiện E.coli tại các hộ trang trại trong đợt giám sát năm 2012, trong các đợt giám sát của các năm tiếp theo không phát hiện có E.coli, điều này có thể cho thấy qua các cảnh báo của chương trình các hộ gia đình đã chấp hành tốt việc bảo quản mẫu; các hộ chăn nuôi và đại lý đều bảo quản thức ăn đúng quy định do đó đã tránh được tình trạng lây nhiễm các vi sinh vật độc hại từ môi trường vào thức ăn chăn nuôi.

Nhóm chỉ tiêu độc tố nấm mốc (Aflatoxin tổng số, Aflatoxin B1): có 72/125 mẫu thử nghiệm phát hiện có Aflatoxin tổng số và 73/125 mẫu thử nghiệm phát hiện có Aflatoxin B1, trong đó chỉ tiêu Aflatoxin tổng số cao nhất là 47,0 µg/kg và Aflatoxin B1 cao nhất là 27,0 µg/kg nhưng tất cả đều nằm dưới ngưỡng tối đa cho phép. So với các đợt giám sát trước kết quả về hàm lượng Aflatoxin tổng số và Aflatoxin B1 trong các mẫu năm 2015 thấp hơn hàm lượng Aflatoxin tổng số và Aflatoxin B1 trong mẫu giám sát năm 2014 (năm 2014 hàm lượng Aflatoxin tổng số cao nhất là 17µg/kg) và giảm đáng kể so với 3 đợt  giám sát trước đó (năm 2012 và 2 đợt năm 2013). Như vậy, có thể nói các đơn vị sản xuất thức ăn chăn nuôi đã chú trọng hơn đến khâu lựa chọn nguyên liệu và hạn chế được các nguyên liệu kém chất lượng khi đưa vào sản xuất. Hàm lượng Aflatoxin thấp sẽ làm chất lượng thức ăn tốt hơn; vật nuôi hấp thụ tốt các chất dinh dưỡng hơn từ đó giúp vật nuôi phát triển tốt, tăng sức đề kháng.

Nhóm chỉ tiêu hormone không phát hiện trong mẫu giám sát. Trong các đợt giám sát năm 2012, 2013, 2014 và năm 2015 đều cho kết quả âm tính; không phát hiện các chất cấm thuộc nhóm Beta-agonist trong chăn nuôi (Salbutamol, Clenbuterol, Ractopamine).

Nhóm chỉ tiêu kim loại nặng (Pb, As, Cd, Hg): Vẫn tồn tại các kim loại nặng Pb, As và Cd trong mẫu thức ăn chăn nuôi, tuy nhiên hàm lượng các kim loại này có giảm hơn đáng kể so với kết quả ở các kỳ giám sát trước và đều dưới ngưỡng tổi đa cho phép; chỉ tiêu Pb cao nhất là 4,61 mg/kg; chỉ tiêu As cao nhất là 1,36mg/kg; chỉ tiêu Cd cao nhất là 0,37 mg/kg. Riêng chỉ tiêu Hg không phát hiện có trong các mẫu kiểm tra, giám sát.

Kết quả giám sát đã đánh giá khái quát được thực trạng chất lượng thức ăn chăn nuôi; tình hình tồn dư kháng sinh, chất cấm, vi sinh vật và kim loại nặng trong thức ăn chăn nuôi hiện đang được kinh doanh, sử dụng tại 5 vùng GAHP. Qua đó, giúp dự án tham mưu cho Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trong việc quản lý chất lượng thức ăn đồng thời đưa ra các khuyến cáo, cảnh báo cho các thành viên GAHP biết, lựa chọn những loại thức ăn chăn nuôi bảo đảm chất lượng để sử dụng góp phần nâng cao hiệu quả kinh tế trong chăn nuôi nông hộ tại các vùng GAHP.